A Görgényi-havasok nemcsak a vadászat, nemcsak a természetjárás, hanem az ökoturizmus kiváló terepe is lehet, hiszen mind Maros megye, mind Hargita megye területén több természetvédelmi terület kapcsolódik e hegységhez. Ez nyilván nem jelenti azt, hogy ökotúrákat csak a védett területeken lehet tenni, de tanösvényekre, bemutató táblákra csak a kijelölt védett területeken számíthatunk (van, ahol már vannak tájékoztató táblák és más írásos anyagok, de legtöbb helyen csak ezután esedékesek). Maros megye védett területei közül jónéhány a hegyvidékhez, a Kelemen-havasok és Görgényi-havasok térségéhez tartozik, sőt az Európai Unió által kezdeményezett Natura 2000 hálózathoz tartozik a két hegység Maros megyei részének legnagyobb része. Nem része ennek a Borzia-bérc - Széles-tető - Györgyi-mező - Tisza-gerinc vonalától nyugatra eső rész, illetve az Óbars-mező - Orsova-kő gerinc északi oldala, de a hegység Maros megye területére eső többi része teljesen a Natura 2000 hálózathoz tartozó terület (http://apmms.anpm.ro). Maros megyében tehát a következő természetvédelmi területek tartoznak a Görgényi-havasokhoz:

• Maroshévíz - Déda között 40 km hosszan húzódik Felső-Maros-áttörés tájképi rezervátum (6000 ha) érdekes rönklenyomat barlangokkal, bizarr sziklaalakzatokkal
• Laposnyán a lucfenyő rezervátum (77,8 ha) 150-170 éves, akár 75 cm átmérőjű lucokkal
• Szálka-tető Natúrpark (Nagy-Mező-havas, 7700 ha)
• Szovátán a Medve-tó és a Só köze erdős társulásai (79 ha)
• Görgényszentimrén a Bornemissza-kastély dendrológiai parkja, a Nárcisz-rét és az 400-500 éves tölgyeket őrző Mocsár-erdő (48 ha),
• Disznajónál a kocskás-kotú liliom élőhelye (Fritillaria meleagris, 2,25 ha).

Hargita megyéhez a Görgényi-havasok északi tömbjének csak a keleti oldala tartozik, de a Mező-havas - István bérce - Csuma hegyes vonalától délre, délkeletre a Dél-Görgény és a Közép-Görgényi-havasok déli része a Sóvidéki-dombsággal már Hargita megyéé.

A Görgényi-havasok északi és középső részének Hargita megyéhez tartozó részén találhatók a következő védett területek (www.apmhr.ro):

• Maroshévízen a Termál-vízesés (0,5 ha)
• Gyergyóremete mellett a Nagy-mocsár (34 ha)
• Gyergyóalfalu (Borzont) határában a Nyíres hegylábfelszín (20 ha)
• a Sóvidéki-medencéhez tartozó parajdi Só-hegy és Só-szoros (60 ha)

A Görgényi-havasok biodiverzitása csodálatra méltó és mivel az erdőkitermelések veszélyeztetik az erdős társulások integritását és ezzel együtt a vadállomány életterét, remélhetőleg a jővőben nagyobb területek kerülnek védelem alá.